A visão de médio-longo prazos, para o museu, decorre das aspirações em torno do que se assume ser potencialmente possível. Tal se traduz e se afigura como uma mais-valia para a prossecução dos objectivos sectoriais, sendo inspiradora nos seguintes termos:

Ser um museu reconhecido, no território nacional e no estrangeiro, como referência na produção e disseminação do conhecimento sócio-cultural e inerente ao património natural, relativos ao mar e as águas interiores, com efeitos visíveis e mensuráveis no desenvolvimento do capital humano moçambicano.